Die Aufsicht über die dem AFG unterstellten Anlagefonds ist der Eidg. Bankenkommission (EBK) übertragen worden.
Die EBK ist eine unabhängige Verwaltungsbehörde des Bundes, deren Mitglieder vom Bundesrat gewählt werden. Der BR hat jedoch kein Weisungsrecht gegenüber der EBK.

Die EBK hat die Einhaltung des AFG und der darauf basierenden Verordnungen, sowie der Fondsreglemente zu überwachen und trifft bei Gesetzesverletzungen die zur Herstellung des ordnungsgemässen Zustandes und zur Beseitigung der Missstände notwendigen Massnahmen. Diese können von der Einsetzung eines Beobachters über eine Fondsleitung und die Ernennung eines Sachwalters für eine geschäftsunfähige Fondsleitung bis zum Entzug erteilter Bewilligungen gehen.
Die EBK ist jedoch nicht für die Überprüfung der Anlageentscheide von Fondsleitungen zuständig.
Ein wichtiges Führungsinstrument der EBK sind deren Rundschreiben und Wegleitungen.
Die EBK ist auch Bewilligungsinstanz z. B.
für die Anerkennung einer Gesellschaft als Fondsleitung,  für die Anerkennung einer Bank als Depotbank, für neue Fondsreglemente,  für die Erteilung von Vertriebs- und Vertreter-Bewilligungen,  für die Zulassung ausländischer Anlagefonds zum Vertrieb in der Schweiz, usw. Die Überwachungstätigkeit der EBK erfolgt weitgehend indirekt, während für die direkte Aufsicht die externen Revisionsgesellschaften verantwortlich sind. Ergänzend sind auch die Depotbanken für die Überwachung der Tätigkeit der Fondsleitungen verantwortlich.
Zur Finanzierung ihrer Überwachungstätigkeit erhebt die EBK von den Fondsleitungen und den Banken Gebühren.